Setelah memenangi balapan pekan lalu, Francesco Bagnaia menduduki puncak FP3 MotoGP San Marino di depan Fabio Quartararo dan Jack Miller. Setelah kedua free practice Jumat terkendala kondisi basah, para pebalap malah cerahnya sinar matahari untuk sesi pagi hari ini.

Michele Pirro adalah pebalap pertama yang meningkat secara signifikan dan oleh karena itu masuk ke sepuluh besar pada waktu gabungan dengan keenam, sementara Marc Marquez terdegradasi di luar tempat Q2 otomatis.

Fabio Quartararo kemudian meningkat ke momen kelima sebelum Francesco Bagnaia naik dari P3 menjadi yang tercepat secara keseluruhan. Quartararo mengikutinya dua lap kemudian dengan P2 di belakang Bagnaia.

Dengan Ducati yang terlihat dalam performa terbaiknya baik dalam kondisi kering maupun basah sejauh akhir pekan ini, Johann Zarco memperkuat perasaan itu dengan menjadikannya lima Ducati di dalam sepuluh besar dengan 20 menit berlalu.

Valentino Rossi jatuh di tikungan 13 beberapa saat kemudian, sementara Maverick Vinales melakukan putaran yang menakjubkan untuk unggul tiga persepuluh dari Bagnaia. Stefan Bradl menikmati awal yang kuat untuk FP3 setelah naik ke urutan ketujuh, namun, pebalap Jerman itu kemudian jatuh di tikungan 14.

Miguel Oliveira menjadi pebalap ketiga yang mengalami crash selama FP3 dengan terjatuh di tikungan sepuluh, sementara Quartararo menjadi pebalap pertama yang mencatatkan waktu di bawah 1m 32s akhir pekan ini.

Rekan setim Quartararo, Franco Morbidelli, menunjukkan performa bagus pada hari keduanya dengan seragam pabrikan untuk menjadi P6 selama waktu serangan pembukaan. Morbidelli akhirnya didorong turun ke posisi 15.

Bagnaia mendapatkan kembali posisi teratas dari Quartararo dengan lima menit tersisa, sementara Pirro berada di urutan ketujuh setelah mengikuti pemenang balapan perdananya akhir pekan lalu.

Setelah tercepat kelima, Jack Miller kemudian menempati urutan ketiga secara keseluruhan pada lap kedua dari belakang, sementara Marc Marquez jatuh di tikungan 14.

Pembalap Repsol Honda segera bergabung dengan pebalap Tech 3 KTM Danilo Petrucci yang mengalami kecelakaan, yang diikuti rekan satu timnya,  Iker Lecuona, selang beberapa detik kemudian di tikungan 14 - menjadikannya pebalap keenam yang terjatuh di sesi ini.